公司應該按照稅務部門的要求，填寫并報送相關的其他應交稅費的納稅申報表。具體操作步驟如下：
1. 確認需要報送的其他應交稅費種類，例如城市維護建設稅、教育費附加、地方教育附加等。
2. 根據稅務部門的要求，填寫納稅申報表。一般來說，納稅申報表包括企業基本信息、納稅人識別號、應納稅費種類、計算公式、應納稅費用、減免稅額、實際應繳納稅額等內容。
3. 填寫完畢后，將納稅申報表提交給稅務部門。根據不同的地區和稅種，提交方式可能有所不同，可以通過稅務部門的網站或者現場辦理等方式進行。
4. 在規定的時間內繳納應交稅費。根據稅務部門的規定，企業需要在規定的時間內繳納應交稅費，否則將會面臨罰款等風險。

總之，企業應該認真履行納稅義務，按照稅務部門的規定填寫并報送相關的納稅申報表，確保納稅工作的合規性和準確性。