作廢憑證的處理流程如下：
1. 確認憑證是否可以作廢，例如已經過了記賬日期或者已經被審核過等情況下，憑證就不能再被作廢了。
2. 在憑證上注明作廢原因和日期，并簽字確認。
3. 將作廢憑證的原始憑證和作廢憑證一起存檔。
4. 在賬簿中將作廢憑證的相關科目進行調整，確保賬目正確。

需要注意以下問題：
1. 作廢憑證需要有合理的原因，不要隨意作廢憑證。
2. 在作廢憑證上注明作廢原因和日期，并簽字確認，以備后續查閱。
3. 作廢憑證需要及時處理，以免影響賬目的準確性。
4. 對于已經被審核過的憑證，作廢憑證需要得到審核人員的確認。
5. 在調整賬簿中，需要注意對應的科目和金額是否正確。