船舶噸稅是指按照船舶的噸位大小，對其進行征收的稅費。船舶噸稅的征收管理程序如下：
1. 船舶登記：船舶所有人或經營者需要向當地船舶登記機構登記船舶信息，包括船名、船籍、船舶類型、噸位等信息。
2. 稅費計算：根據船舶的噸位大小，按照規定的稅率計算船舶噸稅。
3. 繳納稅款：船舶所有人或經營者需要按照規定的繳納期限和方式，向稅務部門繳納船舶噸稅。
4. 稅務監管：稅務部門對船舶噸稅的征收進行監管，對違規行為進行處罰，并定期對納稅人進行稅務檢查。
5. 稅務服務：稅務部門為納稅人提供稅務咨詢和服務，幫助納稅人理解稅收政策和規定，便于納稅人合法合規繳納稅款。

以上就是船舶噸稅的征收管理程序。