事業(yè)單位內部控制監(jiān)督制度應包含以下內容：
1. 內部控制的目標和原則：明確內部控制的目標和原則，確保內部控制的有效性和可持續(xù)性。
2. 內部控制的組織架構：明確內部控制的組織結構，包括內部控制的責任部門、內部控制的工作職責和權限等。
3. 內部控制的流程和程序：明確內部控制的流程和程序，包括內部控制的制度、規(guī)范和操作流程等。
4. 內部控制的風險評估和控制措施：明確內部控制的風險評估和控制措施，包括內部控制的風險評估方法、控制措施的設計和實施等。
5. 內部控制的監(jiān)督和評價：明確內部控制的監(jiān)督和評價機制，包括內部控制的監(jiān)督和評價方法、監(jiān)督和評價的周期和方式等。
6. 內部控制的改進和完善：明確內部控制的改進和完善機制，包括內部控制的改進和完善的目標、方法和實施步驟等。

以上是事業(yè)單位內部控制監(jiān)督制度應包含的主要內容，具體實施時還應根據實際情況進行具體細化和完善。