綜合所得應納稅額的稅率是由綜合所得應納稅額和適用稅率確定的。

首先，計算綜合所得應納稅額。綜合所得應納稅額是指個人在一個納稅年度內從各種來源取得的所得額，減去各項扣除后的余額。具體計算方法可以參考個人所得稅法及其實施條例。

其次，確定適用稅率。個人所得稅法規定了7個不同的適用稅率檔次，根據綜合所得應納稅額的不同，可以確定適用的稅率檔次。例如，綜合所得應納稅額在36,000元以下的，適用3%的稅率檔次；綜合所得應納稅額在36,000元至144,000元之間的，適用10%的稅率檔次。

最后，根據綜合所得應納稅額和適用稅率，計算出綜合所得應納稅額的稅額。計算公式為：綜合所得應納稅額 × 適用稅率 - 速算扣除數。

需要注意的是，個人所得稅法規定了一定的起征點，即綜合所得應納稅額在5,000元以下的免征個人所得稅。