《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》等文件出臺前，不少一般納稅人企業在運輸貨物時存在一個“老大難”問題：取得聯營企業、個體運輸專業戶所提供或中介機構代開的運輸服務發票不能抵扣增值稅進項稅額，無形中增加了企業的稅收成本，影響了企業的生產經營效益。《貨物運輸業營業稅征收管理試行辦法》、《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》、《貨物運輸業營業稅納稅人認定和年審試行辦法》等文件的發布，既強化了對運輸發票開具、抵扣的管理，也放寬了合法發票的抵扣范圍，有利于一般納稅人降低稅收成本。

    運費抵扣新政策根據《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》的規定，從2003年11月1日起，納稅人外購貨物（固定資產除外）或者銷售應稅貨物而支付運輸費用所取得的運費結算單據，無論是運輸單位自行開具的，還是運輸單位主管地方稅務局及省級地方稅務局委托的代開發票中介機構為運輸單位和個人代開的，都準予抵扣增值稅進項稅額。這一規定擴大了增值稅的抵扣范圍，對接受運輸服務的企業而言，其好處是不言而喻的。

    將現行的貨物運輸發票管理辦法與原來的管理方法作一個比較，人們不難發現，現在的運輸發票抵扣增值稅的企業范圍增加了。但是，在具體操作過程中，作為接受貨物運輸勞務服務的一般納稅人仍應該注意，哪些運輸企業、單位可以提供抵扣增值稅進項稅額的發票。

    《貨物運輸業營業稅征收管理試行辦法》規定，自2003年11月1日起，在中華人民共和國境內提供公路、內河貨物運輸勞務的單位，如果符合如下規定條件，可以向主管地方稅務局申請領購并自行開具貨物運輸業發票（不包括個人、承包人、承租人以及掛靠人），其條件是：

    其一，具有工商行政管理部門核發的營業執照，地方稅務局核發的稅務登記證，交通管理部門核發的道路運輸經營許可證、水路運輸許可證；

    其二，年提供貨物運輸勞務金額在20萬元以上（新辦企業除外）；

    其三，具有固定的辦公場所。如是租用辦公場所，則租期必須在1年以上；

    其四，在銀行開設結算賬戶；

    其五，具有自備運輸工具，并提供貨物運輸勞務；

    其六，賬簿設置齊全，能按發票管理辦法規定妥善保管、使用發票及其他單證等資料，能按財務會計制度和稅務局的要求正確核算營業收入、營業成本、稅金、營業利潤并能按規定向主管地方稅務局正常進行納稅申報和繳納各項稅款。

    如果不符合自開票條件，可以申請由主管地方稅務局或者經省級地方稅務局批準委托中介機構代開票單位代開貨物運輸業發票。

    通過以上介紹我們可以發現，納稅人可以取得抵扣增值稅的運輸發票包括：有資格自行開票的運輸企業開具的發票、由當地主管稅務機關代開的運輸發票和經省級地方稅務局批準委托中介機構代開票單位代開的貨物運輸業發票。

    運輸發票抵扣增值稅的注意事項

    接受運輸發票要注意以下四點：

    首先，注意發票開票單位是否合法。開票單位必須是經稅務機關批準，有自行開具運輸發票資格的企業，或者是主管地方稅務局以及經省級地方稅務局批準委托的中介機構。其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。

    其次，自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地方稅務機關名稱和代碼等內容的“開票人專章”和財務專用章。

    第三，申報抵扣增值稅時的手續是否符合規定。取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號”欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證。在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，還必須報送《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅人除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。如果納稅人未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票不得計算抵扣進項稅額。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運輸發票抵扣清單》信息采集軟件時應細心，如果某些地方輸入錯誤，經稅務機關與開具的電子信息比對不符，那么該筆運輸發票的進項稅額不得抵扣。

    第四，申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。納稅人取得的2003年10月31日以后開具的運輸發票，應當自開票之日起90天內向主管國稅局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。