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先抵扣再轉出獲得資金時間價值
《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票進項稅額抵扣問題的通知》（國稅發〔2003〕17號）規定：“增值稅一般納稅人申請抵扣的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，必須自該專用發票開具之日起90日內到稅務機關認證，否則不予抵扣進項稅額。增值稅一般納稅人認證通過的防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，應在認證通過的當月按照增值稅有關規定核算當期進項稅額并申報抵扣，否則不予抵扣進項稅額。”
針對這一規定，納稅人應當注意專用發票認證抵扣的時間限制，以避免造成不必要的損失。
購進工程物資處理例如：2006年1月，甲公司購進一批工程物資，取得防偽稅控系統開具的增值稅專用發票，發票注明價款為30萬元，稅額為5.1萬元。因為購進的是工程物資，甲公司未到稅務機關申請認證抵扣。2006年5月工程完工，甲公司將剩余的11.7萬元（含稅）工程物資按賬面價值對外出售。甲公司賬務處理如下：
1.購進工程物資時，借記工程物資35.1萬元；貸記銀行存款35.1萬元。
2.工程領用時，借記在建工程23.4萬元；貸記工程物資23.4萬元。
3.出售工程物資時，借記銀行存款11.7萬元；貸記其他業務收入10萬元、應交稅金——應交增值稅（銷項稅額）1.7萬元。借記其他業務支出11.7萬元；貸記工程物資11.7萬元。
由于購進工程物資取得的專用發票已經超過認證抵扣期限，不得再申請抵扣進項稅額。因此，甲公司出售工程物資應負擔的增值稅為1.7萬元。
籌劃方案：甲公司購進工程物資時，可先作為原材料入賬，同時將取得的增值稅專用發票送稅務機關認證抵扣，工程領用時再作進項稅額轉出。甲公司可作如下賬務處理：
1.購進工程物資時，借記原材料30萬元、應交稅金——應交增值稅（進項稅額）5.1萬元；貸記銀行存款35.1萬元。
2.工程領用時，借記在建工程23.4萬元；貸記原材料20萬元、應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）3.4萬元。
3.出售工程物資時，借記銀行存款11.7萬元；貸記其他業務收入10萬元、應交稅金——應交增值稅（銷項稅額）1.7萬元。借記其他業務支出10萬元；貸記原材料10萬元。
籌劃后，出售工程物資應負擔的增值稅為0（1.7+3.4－5.1）。此外，先認證抵扣再作進項稅額轉出，可能會推遲部分增值稅納稅義務發生時間，獲得資金的時間價值。超過認證抵扣期限的補救措施
如果由于某些原因，納稅人取得的增值稅專用發票未在90天內申請認證抵扣，那么這部分進項稅額就不能從銷項稅額中扣除，在增加增值稅負擔的同時加大了進貨成本，降低了利潤。筆者認為，對超過認證抵扣期限的增值稅專用發票可采取以下補救措施。
超過90天未認證的專用發票，可將發票聯和抵扣聯一起退還開票企業，由開票企業先以退回的發票為依據開具一張紅字發票，并將收到的原發票聯和抵扣聯粘貼在紅字專用發票聯后面，然后立即開具一張同樣內容的正數發票。按上述方案不會增加開票方收入和銷項稅額，但是接受方收到新的專用發票又重新擁有了申請認證抵扣的權利。
需要注意的是，稅法對貨物銷售退回增值稅專用發票的處理有明確規定，而且有些地區對重新開票行為作了限制性規定，納稅人應當事先咨詢當地主管稅務機關，在得到認可后才可按上述方法處理。
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