會計電算化檔案的保管是重要的會計基礎工作。計算機替代手工記賬后，會計檔案增加了新的內容。例如，存有會計數據的磁性介質，與源程序有關的文件資料等。因此，在電算檔案管理制度中，對電算化會計資料的范圍、存貯方式、存放環境、借閱會計檔案等都有相應的管理制度。實施電算化后應加強對會計電算化檔案的管理。基本方法是：

　　（l）確定管理范圍。電算會計檔案內容主要包括本單位各種會計憑證、會計賬簿、會計報表、財務計劃、單位預算和重要的經濟合同、開發設計說明書，以及源程序文件、用戶操作規程及使用手冊、電算化會計科目及科目代碼表、會計報表格式、報表取數公式、自動轉賬公式及其他計算公式、檢驗公式等，存貯于磁性介質上的會計數據、程序文件及其他會計資料。

　　（2）制定管理措施。與手工方式一致，電算化方式生成的證、賬、表等會計檔案，應按規定立卷歸檔保管。其保存期限應按照《會計檔案管理辦法》（1998［財會字］132號），“會計檔案保管期限表”中所列的保存期限進行管理。會計相關職能部門應緊密配合，確認合法的會計檔案內容，制定嚴格管理措施。

　　（3）磁性介質的管理。存貯于磁性介質上的會計資料，在未打印成書面資料前要妥善保管，并制定科學合理的單位內部會計電算化會計資料保存期限。在單位內部電算檔案管理制度中，必須明確備份數據的時間間隔。備份盤也要定期復制，以防止磁性介質老化等技術問題導致數據損壞或丟失，提高電算化會計資料保存的安全系數。

　　（4）會計檔案存放要求。電算化會計資料存在于磁性介質中，所以對電算化會計檔案資料的存放，要求做到防火、防潮、防塵、防熱、防磁、防凍。重要的會計數據應雙備份，并分別存于兩個以上不同的地點。會計數據的備份盤，應對標號方法進行統一規定，列入檔案管理制度的書面文件。備份盤應貼寫好保護標簽，存放于鐵皮保存柜中。按財政部要求，大中型企業應采用磁帶、光盤、微縮膠片等介質存儲數據，盡量少用軟盤存儲會計檔案。

　　（5）開發資料管理。會計電算化系統開發的全套文檔資料視同會計檔案進行管理。其保存期限截至該系統停止使用或有重大更改后的第五年。

　　此外，電算化檔案的借閱、書面資料的裝訂、病毒檢測間隔周期等，也應根據具體情況制定相應的管理制度。