上市公司股權分置改革，是通過非流通股股東和流通股股東之間的利益平衡協商機制，消除A股市場股份轉讓制度性差異的過程。
目前，我國上市公司股權分置改革基本已經完成。綜觀整個股權分置改革，補償流通股的形式主要分為兩類：
1、非權證形式的補償：包括：
（1）非流通股股東直接支付現金給流通股股東；
（2）送股給流通股股東（如10送4），使流通股股東的持股比例將上升，非流通股股東不送股，持股比例將下降；非流通股股東縮股（如按照1：0.65的比例單向縮股），將使非流通股持股比例下降，流通股股東持股比例上升；
（3）將上市公司資本公積金轉增或派發股票股利形成的股份中非流通股股東分得的部分，送給流通股東，使流通股股東持股比例上升；
（4）非流通股股東向上市公司注入優質資產、豁免上市公司債務、替上市公司承擔債務，將使上市公司價值增加，使流通股股東的權益增加；
（5）承諾。
2、權證形式的補償：包括非流通股股東向流通股股東發放認購權證和認沽權證，在特定時期內行使該權利，使流通股股東獲益。
而《國家稅務總局關于股權分置改革中上市公司取得資產及債務豁免對價收入征免所得稅問題的批復》（國稅函[2009]375）號文主要針對的就是股權分置改革中非權證形式補償中的第四類， 非流通股股東向上市公司注入優質資產、豁免上市公司債務、替上市公司承擔債務，使上市公司價值增加，從而導致流通股股東的權益增加。
對于在股權分置改革中這種形式的對價補償，實際上涉及到的是三方稅務處理的問題：
1、非流通股股東：對于非流通股股東注入優質資產、豁免上市公司債務、替上市公司承擔債務，非流通股股東應做如何的稅務處理；
2、流通股股東：由于非流通股股東采取上述方式增加的上市公司價值，流通股股東權益增加了是否要進行相應的稅務處理
3、上市公司：上市公司取得非流通股股東注入優質資產、豁免債務或替為承擔債務稅務上應如何處理。
對于股權分置改革的會計處理問題，財政部專門下發了《上市公司股權分置改革相關會計處理暫行規定》（財會[2005]18號），下面，我們將就具體案例，結合會計處理來講講股權分置改革涉及的這三方的稅務處理問題；
案例：A上市公司進行股權分置改革。假設證監會的相關規定，公司達成了如下三種股權分置改革方案：
方案1：非流通股股東豁免上市公司欠該股東的1000萬的債務
根據《上市公司股權分置改革相關會計處理暫行規定》（財會[2005]18號）：非流通股股東應做如下會計處理：
借：股權分置流通權 1000萬
貸：應收賬款 1000萬
由于上市公司增加了1000萬的資本公積，非流通股股東也需要進行相應的會計處理。如果該非流通股股東持股比例超過50%，對上市公司形成控制的，其對持有的上市公司股權按成本法核算，則無需進行會計處理。如果其持有上市公司股權只有30%，不構成控制，只是重大影響的，其對上市公司股份按權益法核算，則應同時做如下會計處理：
借：長期股權投資——其他權益變動 300萬（1000×30%）
貸：資本公積——其他資本公積 300萬
上市公司應做如下會計處理：
借：應付賬款 1000萬
貸：資本公積——其他資本公積 1000萬
對于流通股股東，其持有的上市公司的流通股一般應作為交易性金融資產或可供出售金融資產進行會計核算。對于這兩類金融資產的會計處理，在非流通股股東通過向上市公司注入優質資產或豁免債務環節，流通股股東是不需要進行會計處理的。他們只需要在資產負債表日根據這兩類金融資產的公允價值分別進行會計處理。如果是交易性金融資產，公允價值變動計入當期損益。而可供出售金融資產的公允價值變動則計入資本公積——其他資本公積。
稅務處理：
非流通股股東豁免上市公司債務，不能直接確認壞賬損失在企業所得稅前扣除。而是作為取得非流通股的流通權支付的對價，在流通股轉讓時扣除。比如，該非流通股股東持有上市公司1000萬股非流通股，初始的計稅成本為3元/股。在進行股權分置改革后，非流通股股東豁免了上市公司1000萬元債務，這就相當于每股非流通股增加1元成本。假設該非流通股股東轉讓了300萬股，每股10元，則稅收上應確認的轉讓收益=300×10-300×3-300/1000×1000=1800（萬元）。
上市公司取得的債務豁免，根據《國家稅務總局關于股權分置改革中上市公司取得資產及債務豁免對價收入征免所得稅問題的批復》（國稅函[2009]375）的規定：股權分置改革中，上市公司因股權分置改革而接受的非流通股股東作為對價注入資產和被非流通股股東豁免債務，上市公司應增加注冊資本或資本公積，不征收企業所得稅。這個已經是非常明確的了。
對于流通股股東，在該方式下，非流通股股東是通過豁免上市公司債務，提高上市公司價值變相提高流通股股東持股權益的，此時流通股股東并為獲得任何直接的對價支付。因此，國稅函[2009]375中提到的，《財政部、國家稅務總局關于股權分置試點改革有關稅收政策問題的通知》（財稅[2005]103號）中關于“股權分置改革中非流通股股東通過對價方式向流通股股東支付的股份、現金等收入，暫免征收流通股股東應繳納的企業所得稅和個人所得稅”對這種股權分置改革方案是不適用的。流通股股東此時不需要進行任何稅務處理，其持有流通股股權的暗含增值收益將在轉讓時一并體現，如果是企業股東，轉讓時收益繳納企業所得稅。個人股東通過證券市場轉讓股票收益暫免征收個人所得稅。
方案2：非流通股股東替上市公司承擔1000萬債務
這種方式下，三方的會計和稅務處理和第一種方式基本一致。只不過是在非流通股股東的會計處理中，將貸方貸的應收賬款換為應付賬款而已。這里，就不詳細解說了。
方案3：非流通股股東將其持有的其全資房地產公司的100%的股權注入上市公司作為股改對價。該長期股權投資注入前的賬面價值為1000萬元，計稅成本和賬面價值相同，公允價值2000萬。
非流通股股東的會計處理
根據《上市公司股權分置改革相關會計處理暫行規定》規定：企業根據經過批準的股權分置方案，向上市公司注入優質資產、豁免上市公司債務、替上市公司承擔債務的，應按照注入資產、豁免債務、承擔債務的賬面價值，借記“股權分置流通權”科目，貸記相關資產或負債科目。
借：股權分置流通權 1000萬
貸：長期股權投資——某子公司 1000萬
同樣，非流通股股東如果持股比例超過50%，按成本法核算，則無需進行進一步會計處理。如果是按權益法核算長期股權投資的，假設持股比例為30%，則應做如下會計處理：
借：長期股權投資——其他權益變動 600萬（2000×30%）
貸：資本公積——其他資本公積 600萬
上市公司會計處理：
對于上市公司取得的非流通股股東注入的資產，應按公允價值入賬：
借：長期股權投資 2000萬
貸：資本公積——其他資本公積 2000萬
流通股股東的會計處理方法同方案1，這里就不再詳細解說了。
稅務處理：
非流通股股東：
對于非流通股股東用其持有的全資子公司100%的股權作為對價支付給上市公司，根據《企業所得稅法實施條例》第二十五條的規定，應做視同銷售處理。因此，該非流通股股東在股權辦理過戶時，應按1000萬（2000-1000）繳納企業所得稅。此時，會計上確認的股權分置流通權的成本為1000萬，而稅收上股權分置流通權的計稅成本為2000萬。
上市公司：
上市公司取得的注入資產，根據國家稅務總局關于股權分置改革中上市公司取得資產及債務豁免對價收入征免所得稅問題的批復》（國稅函[2009]375）的規定，增加資本公積，不征收企業所得稅。
流通股股東的稅務處理同方案1，這里也不再敘述了。