《國家稅務總局關于發布<納稅人轉讓不動產增值稅征收管理 暫行辦法>的公告》（國家稅務總局公告2016 年第14 號）第三條規定，一般納稅人轉讓其取得的不動產，按照以下規定繳納增值稅：
（一）一般納稅人轉讓其 2016 年 4 月 30 日前取得(不含自建)的不動產， 可以選擇適用簡易計稅方法計稅，以取得的全部價款和價外費用扣除 不動產購置原價或者取得不動產時的作價后的余額為銷售額，按照 5%的征收率計算應納稅額。納稅人應按照上述計稅方法向不動產所在地主管地稅機關預繳稅款，向機構所在地主管國稅機關申報納稅。
第八條規定，納稅人按規定從取得的全部價款和價外費用中扣除不動產購置原價或者取得不動產時的作價的，應當取得符合法律、行政法規和國家稅務總局規定的合法有效憑證。否則，不得扣除。上述憑證是指：
（一）稅務部門監制的發票。
（二）法院判決書、裁定書、調解書，以及仲裁裁決書、公證債權文書。
（三）國家稅務總局規定的其他憑證。
《國家稅務總局關于納稅人轉讓不動產繳納增值稅差額扣除有關問題的公告》（國家稅務總局公告 2016 年第 73 號）第一條規定， 納稅人轉讓不動產，按照有關規定差額繳納增值稅的，如因丟失等原因無法提供取得不動產時的發票，可向稅務機關提供其他能證明契稅計稅金額的完稅憑證等資料，進行差額扣除。第二條規定，納稅人以契稅計稅金額進行差額扣除的，按照下列公式計算增值稅應納稅額：
（ 一）2016 年 4 月 30 日及以前繳納契稅的。增值稅應納稅額=［全部交易價格（含增值稅）-契稅計稅金額（含營業稅）］÷（1+5%）× 5%。
（二）2016 年 5 月 1 日及以后繳納契稅的。增值稅應納稅額=［全部交易價格（含增值稅）÷（1+5%）-契稅計稅金額（不含增值稅）］*5%。
第三條規定，納稅人同時保留取得不動產時的發票和其他能證明契稅計稅金額的完稅憑證等資料的，應當憑發票進行差額扣除。
根據上述規定，一般納稅人企業轉讓其營改增前購入的辦公樓選擇差額簡易計稅方法計算繳納增值稅時，不論是憑發票還是憑契稅完稅憑證以及法院判決書、裁定書、調解書，以及仲裁裁決書、公證債權文書作為扣除憑證，均不能扣除購入環節繳納的契稅。

《財政部　國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規定的通知》（財稅[1995]48號）第十條“關于轉讓舊房如何確定扣除項目金額的問題”明確，轉讓舊房的，應按房屋及建筑物的評估價格、取得土地使用權所支付的地價款和按國家統一規定交納的有關費用以及在轉讓環節繳納的稅金作為扣除項目金額計征土地增值稅。對取得土地使用權時未支付地價款或不能提供已支付的地價款憑據的，不允許扣除取得土地使用權所支付的金額。
《國家稅務總局關于土地增值稅清算有關問題的通知》（國稅函[2010]220號）第五條“房地產開發企業取得土地使用權時支付的契稅的扣除問題”明確，房地產開發企業為取得土地使用權所支付的契稅，應視同“按國家統一規定交納的有關費用”，計入“取得土地使用權所支付的金額”中扣除。
《財政部 國家稅務總局關于土地增值稅若干問題的通知》（財稅[2006]21號）第二條“關于轉讓舊房準予扣除項目的計算問題”明確，納稅人轉讓舊房及建筑物，凡不能取得評估價格，但能提供購房發票的，經當地稅務部門確認，《條例》第六條第（一）、（三）項規定的扣除項目的金額，可按發票所載金額并從購買年度起至轉讓年度止每年加計5%計算。對納稅人購房時繳納的契稅，凡能提供契稅完稅憑證的，準予作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除，但不作為加計5%的基數。
根據上述規定，一般納稅人企業（非房地產企業）轉讓舊房能夠提供舊房評估價格的，個人認為購入環節已繳納的契稅在計算土地增值稅時不能扣除；不能提供舊房評估價格但能提供購房發票的，按發票所載金額作為土地增值稅扣除項目進行計算時，對于購入環節繳納的契稅，能夠提供契稅完稅憑證的，可以作為“與轉讓房地產有關的稅金”予以扣除。