小企業會計科目的設置與大企業有以下不同之處：
1. 科目設置的數量：小企業會計科目的數量相對較少，通常只有幾十個，而大企業的會計科目則可以達到幾百個。
2. 科目設置的細節：小企業的會計科目設置相對簡單，通常只包括基本的資產、負債、收入、費用等科目，而大企業會根據其業務特點，設置更為詳細的科目，如各類應收賬款、預付賬款、存貨、工資福利等。
3. 會計處理方式：小企業的會計處理方式相對簡單，通常采用單式記賬或簡單的復式記賬，而大企業則需要采用復雜的多級復式記賬方式，以滿足其業務復雜性的要求。
4. 報表輸出：小企業的會計報表輸出相對簡單，只需要輸出資產負債表和利潤表即可，而大企業則需要輸出更為復雜的報表，如現金流量表、股東權益變動表等。

總之，小企業的會計科目設置相對簡單，處理方式也較為簡單，而大企業則需要更為詳細和復雜的會計科目設置和處理方式，以適應其業務特點和規模。