如果年終獎分兩次發放，每次發放都需要計算個人所得稅。具體計算方法如下：
1. 第一次發放時，按照全年一次性發放的方式計算個人所得稅。即將年終獎的金額與個人全年的收入合并計算個人所得稅，并按照稅率表進行計算。
2. 第二次發放時，需要先扣除第一次發放時已經扣除的個人所得稅。具體計算方法為：第二次發放的年終獎金額減去第一次發放時已經扣除的個人所得稅，剩余金額再按照稅率表進行計算個人所得稅。

需要注意的是，如果第一次發放時已經扣除的個人所得稅金額超過了第二次發放的年終獎金額，那么第二次發放時不需要再扣除個人所得稅。