個人獨資企業的納稅方式是按照所得額進行逐級累進計稅，稅率從5%到35%不等。具體計算方法如下：
1. 首先，需要計算個人獨資企業的應納稅所得額。應納稅所得額 = 稅前收入 - 成本 - 抵扣項目。
2. 然后，根據應納稅所得額的不同區間，按照不同的稅率進行計算。具體稅率如下：

- 不超過3萬元的部分，稅率為5%；
- 超過3萬元至10萬元的部分，稅率為10%；
- 超過10萬元至20萬元的部分，稅率為20%；
- 超過20萬元至30萬元的部分，稅率為30%；
- 超過30萬元至40萬元的部分，稅率為35%；
- 超過40萬元的部分，稅率為45%。

3. 最后，根據應納稅所得額和對應的稅率，計算出個人獨資企業需要繳納的稅款。稅款 = 應納稅所得額 × 稅率。

以5000萬元為例，假設成本和抵扣項目為0，應納稅所得額為5000萬元，稅率為45%，則個人獨資企業需要繳納的稅款為：

稅款 = 5000萬元 × 45% = 2250萬元。

因此，個人獨資企業5000萬的稅款為2250萬元。需要注意的是，這只是一個簡單的計算示例，具體的稅務處理還需要根據實際情況進行具體分析和處理。