應付賬款有余額時，可以通過以下兩種方式抹掉：
1. 通過支付款項，將應付賬款的余額全部結清，例如通過銀行轉賬、支票等方式支付應付賬款的余額。
2. 如果應付賬款有短期內到期的其他賬款，可以將應付賬款的余額與其他賬款進行抵消，將余額抵消掉。例如，如果公司應付賬款有1000元的余額，在短期內還有供應商向公司采購貨物，應付賬款為900元，那么可以將應付賬款余額1000元與短期內的應付賬款900元進行抵消，只需支付100元即可將應付賬款余額抹掉。