商標注冊費屬于無形資產，應該按照會計準則的規定計入無形資產科目，具體記賬分錄如下：

借：無形資產賬戶 3000元
貸：銀行存款賬戶 3000元

其中，無形資產賬戶為資產類科目，銀行存款賬戶為負債類科目。