根據《個人所得稅法》的規定，個人獲得的工資、薪金所得應當繳納個人所得稅。而交通補助費屬于工資、薪金的一種，因此應當繳納個人所得稅。

具體繳納的個人所得稅金額，需要根據個人所得稅法規定的稅率和扣除項目進行計算。一般情況下，企業會在發放交通補助費時直接扣除個人所得稅后再發放給員工。

需要注意的是，如果交通補助費是以報銷的形式發放，那么需要員工提供相關的報銷證明，否則可能被稅務機關認為是非法所得，導致個人所得稅的增加及相應的罰款。