對于工資超過5000的個人所得稅計算，應按照以下步驟進行：
1. 首先計算出稅前工資總額，即超過5000元的部分。例如，如果工資為6000元，則稅前工資總額為1000元。
2. 根據稅法規定，個人所得稅稅率分為7個級別，分別是3%、10%、20%、25%、30%、35%和45%。其中，超過5000元的部分按照10%的稅率計算。
3. 計算稅前工資總額應繳納的個人所得稅額。以6000元為例，應繳納的個人所得稅額為(6000-5000)×10%=100元。
4. 計算稅后工資。以6000元為例，應繳納的個人所得稅額為100元，稅后工資為6000-100=5900元。

需要注意的是，對于工資超過5000的個人所得稅計算，還需要考慮到其他因素，如社保、公積金等的扣除。具體計算方式需要根據個人具體情況進行綜合考慮。