非標準審計報告與標準審計報告的主要不同在于審計師對于被審計單位的財務報表是否真實、準確的判斷和表述。

標準審計報告是指依據審計準則和審計程序，對被審計單位的財務報表進行審計后，審計師認為財務報表真實、準確的情況下所發表的審計報告。標準審計報告通常包括審計師對財務報表的意見、審計師的責任聲明、被審計單位負責人的聲明等內容。

而非標準審計報告則是指審計師在審計過程中發現被審計單位的財務報表存在重大問題或者審計師無法依據審計準則和審計程序對財務報表進行審計的情況下所發表的審計報告。非標準審計報告通常包括審計師對財務報表的限制性意見、否定意見、強調事項段落等內容，這些內容都說明了被審計單位財務報表存在問題或者審計師無法對其進行審計。

因此，非標準審計報告與標準審計報告的主要不同在于審計師對被審計單位財務報表的判斷和表述。非標準審計報告通常會對被審計單位的信譽造成負面影響，而標準審計報告則能夠證明被審計單位的財務報表真實、準確，有利于提高被審計單位的信譽和聲譽。