運費的計算方法有以下幾種：
1. 按照重量計算運費：按照貨物的重量計算運費，一般以每公斤計算。
2. 按照體積計算運費：按照貨物的體積計算運費，一般以每立方米計算。
3. 按照數量計算運費：按照貨物的數量計算運費，一般以每件、每箱、每托盤等計算。
4. 綜合計算運費：綜合考慮貨物的重量、體積、數量等因素計算運費。

選擇最優方案需要根據具體情況來確定，以下是一些考慮因素：
1. 貨物的重量、體積、數量等因素，選擇適合的計費方式。
2. 運輸距離、運輸方式、運輸時間等因素，選擇適合的運輸方式。
3. 運輸公司的信譽度、服務質量、價格等因素，選擇合適的運輸公司。
4. 貨物的價值、特殊性等因素，選擇適合的保險方案。

綜合考慮以上因素，選擇最優方案可以使運輸成本最小化，同時保證貨物的安全和及時到達。