第三方審計收費標準的制定依據主要包括以下幾個方面：
1. 相關法律法規：審計機構在收費時必須遵守國家有關法律法規的規定，例如《中華人民共和國注冊會計師法》、《中華人民共和國審計法》等。
2. 行業慣例：審計行業有一定的慣例，例如根據企業規模、業務復雜程度、審計風險等因素來確定收費標準。
3. 審計機構自身情況：審計機構自身的規模、專業水平、經驗等都會影響其收費標準的制定。
4. 審計項目的性質：不同類型的審計項目，其收費標準也有所不同，例如財務報表審計、內部控制審計、合規性審計等。

總之，審計機構制定第三方審計收費標準時需要綜合考慮多個因素，以確保其收費合理、公正、透明。