新員工入職時，個人所得稅的起征點為5000元。個人所得稅是按照超過起征點的部分計算的，因此如果新員工的月薪不超過5000元，那么他的個人所得稅應該為0。

如果新員工的月薪超過5000元，那么他的個人所得稅應該按照以下方式計算：
1. 首先，計算應納稅所得額，即月薪減去5000元的部分；
2. 然后，根據應納稅所得額的大小，查找個人所得稅稅率表，確定適用的稅率和速算扣除數；
3. 最后，將應納稅所得額乘以適用的稅率，再減去速算扣除數，即為應繳納的個人所得稅。

需要注意的是，每個納稅人的免稅額是5000元，因此如果新員工有其他收入，例如房租收入或者利息收入等，那么這些收入也需要計算在內，超過5000元的部分都需要繳納個人所得稅。