購買材料的代墊運費應當計入“材料成本”科目。具體操作步驟如下：
1. 在購買材料時，將材料成本和代墊運費分別記在兩個不同的賬戶中。
2. 在材料成本賬戶中，只記錄材料的成本，不包括代墊運費。
3. 在代墊運費賬戶中，只記錄代墊運費的金額。
4. 在結賬時，將代墊運費賬戶中的金額轉移至材料成本賬戶中，這樣就能夠將代墊運費計入材料成本中。

總之，代墊運費應當視為材料成本的一部分，因此應當計入“材料成本”科目。