補交的增值稅應該按照以下步驟進行賬務處理：
1. 記錄增值稅應交稅金科目的借方，記錄銀行存款科目的貸方，表示企業已經支付了應交增值稅。
2. 如果企業在稅務部門的要求下，需要補交增值稅，那么應該將補交的增值稅記錄在增值稅應交稅金科目的借方，表示企業需要再次支付增值稅。
3. 如果企業在補交增值稅后，稅務部門進行了核定或者調整，使企業需要退回一部分增值稅，那么應該將退回的增值稅記錄在銀行存款科目的借方，表示企業已經收到了退回的增值稅。

綜上所述，補交的增值稅應該按照實際情況進行借貸記賬，以準確反映企業的財務狀況。