在建工程是一個長期資產，一般會計科目設置如下：
1. 在建工程主科目：在建工程（固定資產類）
2. 在建工程的子科目：
（1）建筑物工程
（2）機械設備安裝工程
（3）裝修工程
（4）其他工程

以上是一種常見的設置方式，具體的設置方式還要根據企業的實際情況來確定。在設置時要注意科目的層次結構清晰，科目名稱簡明易懂，方便日后的會計處理和查詢。同時，還要注意與其他相關科目的配合，如固定資產主科目、材料采購、人工工資等科目。