在建工程是一項長期資產，應該歸入固定資產科目。通常建議將在建工程設置為固定資產科目的子科目，以便更好地管理和跟蹤。

具體來說，可以按照以下步驟設置在建工程的二級科目：
1. 在固定資產科目下創建一個名為“在建工程”的子科目。
2. 在“在建工程”子科目下創建二級科目，例如“土建工程”、“裝修工程”、“機電工程”等，根據實際情況進行設置。
3. 每個二級科目下可以再創建三級科目，例如“土建工程”下可以創建“地基工程”、“結構工程”、“建筑工程”等。

在進行會計核算時，應根據實際情況將在建工程的成本進行分攤，并按照固定資產的管理規定進行折舊或攤銷。