年終獎單獨計稅和合并計稅的區別在于計稅方式不同。
1. 單獨計稅
單獨計稅是指將年終獎按照當月工資標準計算個稅，即將年終獎額單獨計算個人所得稅，與平時的工資分開計算納稅。這種方式適用于年終獎金額較大的情況，可以減少個人所得稅的負擔。
2. 合并計稅

合并計稅是指將年終獎和平時的工資合并計算個稅，按照稅法規定的年度累計應納稅所得額進行計算，然后再按照稅率計算個人所得稅。這種方式適用于年終獎金額較小的情況，可以避免個人所得稅的跨越式增加。

需要注意的是，根據稅法規定，年終獎的個人所得稅計算方式應當由企業和個人共同選擇，但是一旦選擇了計稅方式，就必須在全年內保持一致，不能隨意更改。