當專項應付款已經付清時，需要進行以下會計處理：
1. 根據支付憑證，將專項應付款的金額從銀行存款賬戶中劃出。
2. 在專項應付款科目的借方記上已付金額。
3. 在應付賬款科目的貸方記上已付金額。
4. 如果專項應付款有稅額，需要在應交稅費科目的貸方記上稅額。
5. 如果專項應付款有利息，需要在利息支出科目的貸方記上利息。
6. 最后，根據會計憑證的要求，填寫相應的會計憑證并進行審核、記賬和歸檔。

需要注意的是，以上處理僅適用于已經付清專項應付款的情況。如果專項應付款只是部分付款或者未付款，則需要根據實際情況進行相應的會計處理。