自然災害造成的損失應當計入損失科目，例如：
1. 自然災害造成的房屋損失，應當計入固定資產損失科目；
2. 自然災害造成的庫存商品損失，應當計入存貨損失科目；
3. 自然災害造成的應收賬款損失，應當計入壞賬損失科目。

需要注意的是，在計算企業損失的時候，應當先進行評估和核算，確定損失的具體金額，再將其計入相應的科目中。同時，應當及時報告保險公司，以便獲得相應的賠償。