增值稅減免稅款應計入“其他應付款”科目中。具體來說，在企業的增值稅納稅申報表中，應當將增值稅減免稅款填寫在“其他應付款”欄中，然后在企業的會計憑證中，將該筆款項記入“其他應付款”科目。這樣做的目的是為了正確反映企業的財務狀況和經營成果。