購買原材料單獨支付的運費應該計入“原材料成本”科目。這是因為運費是直接與原材料采購相關的費用，應該作為原材料成本的一部分計入。在會計核算中，原材料成本包括原材料采購價、采購運費、采購關稅、采購保險費等直接與原材料采購相關的費用。