自查補繳增值稅的會計憑證處理如下：
1. 首先，在會計科目中找到應交增值稅科目，對應的會計科目應為“應交增值稅”（借方）和“銀行存款”（貸方）。
2. 然后，在憑證上填寫補繳增值稅的金額，填寫在“應交增值稅”借方的欄目中。
3. 接著，在“銀行存款”貸方的欄目中填寫補繳增值稅的金額。
4. 最后，對憑證進行審核、記賬和歸檔。

需要注意的是，自查補繳增值稅的會計憑證應該及時處理，以確保賬務的準確性和合規性。同時，還需要按照國家稅務部門的規定，及時申報并繳納相應的稅款。