工程審計的工作流程包括以下主要步驟：
1. 確定審計目標和范圍：確定需要審計的工程項目或階段，并明確審計的目標和范圍。
2. 收集相關資料：收集與工程項目相關的文件、合同、報告、付款記錄等資料，以便進行審計。
3. 進行初步調查：對工程項目進行初步調查，了解項目的背景、目標、計劃和執行情況。
4. 制定審計計劃：根據審計目標和范圍，制定詳細的審計計劃，包括審計方法、時間安排、審計程序等。
5. 進行實地考察：實地考察工程項目的現場，了解工程進展情況、質量控制、安全措施等。
6. 進行數據分析：對收集到的相關數據進行分析，包括財務數據、工程量數據、進度數據等，以評估工程項目的經濟效益和風險。
7. 進行核實和檢查：核實工程項目的各項數據和記錄的準確性和完整性，檢查合同和付款的合規性。
8. 發現問題和風險：根據審計的結果，發現工程項目存在的問題和潛在風險，并提出相應的建議。
9. 編寫審計報告：根據審計結果，編寫審計報告，包括審計的目的、范圍、方法、發現的問題和建議等。
10. 提供意見和建議：根據審計報告，向相關方提供意見和建議，幫助他們改進工程項目的管理和執行。
11. 跟蹤審計結果：跟蹤工程項目的改進情況，確保審計結果得到有效的落實和監督。

以上是工程審計的主要步驟，具體的工作流程可能會根據不同的情況和要求有所調整。