那下面這個繳稅6390.87+普票不含稅金額190313.39*0.01=8294元？

是的，普票部分交增值稅，普票不含稅金額190313.39*0.01=8294元

電子稅務局上自動生成的，怎么不是這樣的，它是按3%開票的就是按3%交的稅

專票按發票上的稅額交

專票是按發票上的稅額交的啊，3%的普票也是按3%的稅額交的

再填寫減免稅明細表

那不含稅銷售額也得調整，這樣的話，系統匯提示比對不通過吧

不含稅金額不用修改

那做賬的，這減免的2%稅額，怎么做賬呢

減免的，計入營業外收入

比如開了5萬的發票，如果按1%開具發票的話，不含稅銷售額是49504.95，稅額495.5。但是按3%開票的不含稅銷售額48543.69，稅額是1456.31元，減免稅額我是填1456.31-495.5=960.81這樣填？

是的，你的理解是對的。