我們的戶頭 客戶會在貨款中多開發票回款

意思就是你們是包運費了。簽訂合同中寫明你們包運費，就行了。合情合理合法

如果沒有簽合同 客戶也說是為他們墊付的 而且金融每月都有 金額又大 怎么辦

不符合墊付條件，如果是墊付，那運輸發票應當開具客戶名稱，不是你家名稱。從發票關系來說，就是你賣貨的承擔運費，客戶貨款的時候把運費包含在運費里了。

你說的合理避稅，是指企業所得稅，你現在已經取得成本發票了，已經避稅了。你的問題能否再詳細點。