你好，直接打給乙公司可以的。開具發票看三方協議如何約定，如果約定只是款項由你公司直接支付給乙公司，建議發票還是乙公司開給甲公司，甲公司再開給你公司。如果協議約定這部分工作直接從你公司與甲公司的合同中扣減由你公司直接委托乙公司做，建議發票由乙公司直接開給你公司。