可這是三個月的獎金 不應該分三個月平均分別計入嗎

不是的，按實發工資計稅。若想分別計入，應每月發放。

年終獎不是就分開計算嗎

平均每月

年終獎是單獨作為一個月計算。年終獎除以十二，是為了找適應稅率。