進貨的時候有的金額小不開票，時間長了進項少，銷項多

每筆交易不論金額大小都應該索取發票的，否則會多繳納增值稅和企業所得稅。

其它沒什么影響吧

有影響，因為只有購進才存在銷售，如果稅務查賬發現沒有購進卻銷售，會質疑銷售業務的真實性。