因補繳的是員工還沒有入職的月份，所以都是公司和個人承擔部分全部都由員工個人承擔，也可以直接在申報個稅的時候扣除是嗎？

你好！這個可以的！沒有入職的部分由員工個人承擔，可以從工資里扣除的。