我司是農業企業一般納稅人，主營種植蔬菜，蔬菜初加工，銷售蔬菜，總部在深圳，客戶也是深圳各大超市。基地在其他地方，基地開具收購發票，由于我們農產品是免稅的，有必要設置銷項稅額和進項稅額兩個科目嗎？還是直接按票面金額入賬，另外有些開過來的專票不能抵扣，是否要認證然后做進項稅額轉出？