新制度沒有設置“藥品”、“藥品進銷差價”科目，但設置了“庫存物資”科目，其核算范圍有所擴大，包括了原賬中“藥品”、“庫存物資”科目的核算內容，并將原制度藥品售價核算改為了進價核算。 如果想要用到藥品進銷差價的話，那么在藥品入庫時應該按零售價入庫，而藥品的庫存也應以零售價格來計算庫存，那么零售價與進價之間的差額記入“差品進價差價”科目。 轉賬時，應在新賬中“庫存物資”科目下設置“藥品”、“衛生材料”、“低值易耗品”、“其他材料”等明細科目，將原賬中“庫存物資”科目的余額分析轉入新賬中“庫存物資”科目的相關明細科目； 將原賬中“藥品”科目的余額轉入新賬中“庫存物資——藥品”明細科目的借方，將原賬中“藥品進銷差價”科目的余額作為減項轉入新賬中“庫存物資——藥品”明細科目的借方。