一、原理不同 零稅率代表有納稅義務，只不過由于稅率是“零”，計算出的應納稅額是零。 免稅是指免除了納稅義務。 兩者有重要的差別。雖然兩種方法看似都是對某些納稅人或征稅對象給予鼓勵、扶持或照顧的特殊規定。但是，由于增值稅有一個鏈條的原則，免稅對于一般納稅人因為不征收銷項稅額，同時進項稅額不可抵扣應該轉出。免稅開票時只能開具增值稅普通發票，對購買方來說不能取得專票從而不能抵扣，導致增值稅抵扣鏈條中斷。 而零稅率，增值稅鏈條并沒有斷，所以是不必要進行進項轉出，為了生產零稅率而購入的產品或服務等的進項是可以抵扣的。增值稅零稅率不僅是本交易環節（或流通環節）的增值額部分不用繳納增值稅，而且，以前各交易環節（或流通環節）的累積增值額也不用繳納增值稅，具體通過允許免抵或免抵退進項稅額來實現。零稅率比免稅還優惠。 二、適用范圍不同 增值稅零稅率僅僅適用于境內單位和個人發生的跨境應稅行為，而增值稅免稅政策不限于跨境應稅行為，也適用于境內發生的應稅行為。 零稅率是增值稅稅率的一種，所以增值稅零稅率政策僅適用于一般納稅人，不適用于小規模納稅人。增值稅免稅政策適用于一般納稅人和小規模納稅人。 三、稅收管理要求不同 零稅率是增值稅稅率的一種，只要符合稅法規定，就可以適用增值稅零稅率，并按月向主管退稅的稅務機關申報辦理增值稅退（免）稅手續。 增值稅免稅是一項稅收優惠政策，一般需報稅務機關備案。