在申報手冊核銷前，需將此本手冊上所有的進口報關單和出口報關單向主管稅務機關申報完畢并經稅務機關審核結束；如涉及手冊統核的須在報告中予以說明，統核的手冊須一次申報核銷；企業須自行計算實際分配率，如實際分配率大于1或小于0的，須在報告中詳細說明原因；如已到期手冊無出口或都為國內結轉，可向主管退稅部門申請撤銷手冊，正常的轉內銷要經出口退稅部門辦理手續，并取得批準可抵扣進項稅證明后(也要認證通過的進項稅票)才可以進行抵扣進項稅。