我們是設計院，分公司是獨立核算的，并且不做匯總納稅，分公司做具體的項目，然后再給總公司開票，總公司給分公司做結算，是這樣嗎，老師？那分公司和總公司之間是否需要簽個委托協議

是的。總分公司簽訂分包的協議，然后開票。

我們簽的部分合同，是全部轉給分公司的，是簽個分包協議還是委托協議？這個屬于分包嗎

簽訂分包協議，相當于把項目整體外包。