1、經營目標不同 營利性醫療機構運行的目標是追求利潤最大化；非營利性醫療機構運行目標是為特定社會目標，不以賺錢為目的。 2、分配方式不同 營利性醫療機構盈利后，投資者對稅后利潤可以分紅，非營利性醫療機構不以賺錢為目的，但為了擴大醫療規模，也可適當盈利，但這種盈利只能用于自身發展，不能分紅。 3、處置財產方式不同 營利性醫療機構經營不善而終止服務，投資者個人可以自行處置其剩余財產；而非營利性醫療機構終止服務后，其剩余財產只能由社會管理部門或其他非營利性醫療機構處置。4、收支結束的用途不同 營利性醫療機構的收支結余是用于投資者回報。非營利性醫療機構的收支、結余不能用于投資者回報，也不能為其職工變相分配，所有利潤和盈余只能投入到機構的再發展中，用于購買設備，引進技術，開展新的服務項目或向公民提供低成本的醫療衛生服務。 5、是否享受財產補貼 政府辦的縣及縣以上非營利性醫療機構，以定向補助為主，由同級財政安排。營利性醫療機構沒有任何財政補助。 6、價格標準不同 營利性醫療機構提供的醫療服務實行市場調節價，醫療機構根據實際服務成本或市場供求情況自主制訂價格．，非營利性醫療機構提供的醫療服務實行政府指導價，醫療機構按照主管部門制訂的基準價，并在其浮動范圍內，確定其本單位實際醫療服務價格。