不管獨立非獨立，最后利潤是不是都要納入總公司算收入總額？ 非獨立的是不是要在總公司和分公司兩邊繳納？

你好是的，匯算清交是合并在一塊兒的。

獨立核算是不是先在分公司所在地預繳，然后總公司匯算后再在總公司繳納剩下部分，這個比例是多少

第一個是 第二個匯算清繳，總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例，三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30。 具體計算公式為： 某分支機構分攤比例＝（該分支機構營業收入÷各分支機構營業收入之和）×0.35＋（該分支機構職工薪酬÷各分支機構職工薪酬之和）×0.35＋（該分支機構資產總額÷各分支機構資產總額之和）×0.30。