公司收到甲方工程款，全部是由于乙方施工企業開具發票給甲方，你說的材料商直接開稅票給甲方的話，應是材料商直接開票給乙方，如果是材料商直接開稅票給甲方，那么就是甲方付材料款給材料商，不然就是會出現發票流、合同流、物流、資金流四流不一致的現象。