跨省市分公司無論選擇獨立核算還是非獨立核算方式，均應匯總計算并繳納企業所得稅，只是在實際執行中會存在分公司選擇就地納稅還是匯總納稅的兩種征稅方式，進而影響企業所得稅納稅申報形式。分公司選擇就地納稅方式，所得稅納稅申報就地繳納，分公司選擇匯總納稅方式，所得稅納稅申報則匯總繳納。