那就是說100萬的總項目，甲供材料60，約定乙方只就剩余的金額開票，是這樣嗎？

可以的，可以這么做的。

那總項目就材料款部分的稅款誰交，如果只是開施工費，票面幾個點？

郝，材料款是銷售方銷售材料的一方給對方企業開你們單位開3%的發票。