所以資金怎么分開呢？公司還有主營的收入和支出，賬戶的錢不全是和項目相關的啊？現在項目要單獨做賬，但是資金是流水能對上嗎？

不是讓你把資金分開，只是你每一個項目上面他還余下多少資金在賬上體現就行了，你總的資金都在你的銀行賬戶上。