這是什么原因呢，對方問我說電子公章可以嗎

這個如果是一般的原始輔助憑證問題也不大，有發票就可以，但加蓋傳統印章會更謹慎一些，因為公司的傳統印章在公安機關有備案，電子公章如果有備案就也可以，具體要看什么樣的業務，這個需要自行把控風險。